El deporte de Futsal fue considerado dentro de las instalaciones del edificio José y Rosy Achar,
inaugurado en 1999; y en el 2006 fue inaugurado junto al Área de Frontones el Gimnasio Auxiliar que también albergaría las prácticas de este deporte. El CDI cuenta con diversos equipos en este deporte, desde Enseñanza hasta Representativos en las diversas categorías. Las selecciones deportivas mexicanas de Futsal continuaron participando en Macabiadas de Israel, obteniendo medalla de bronce en la categoría Abierta del 2001, medalla de bronce en Máster 2005, medalla de bronce en Juvenil 2009 y medalla de bronce en la categoría Máster del 2017. Entre los deportistas internacionales de la década noventa a la fecha destacan: Abraham Atri, Abraham Azses, Abraham Cherem, Abraham Fridman, Abraham Michan, Abraham Nahmad, Abraham Sofer, Alan Almog, Alan Tatarsky, Alberto Lisbona, Alberto Shamosh, Alejandro Joloy, Alejandro Lewkowicz, Anthony Chayo, Arie Levy, Arnon Eydan Menases, Benjamín Levy, Bernardo Oychter, Carlos Kviat, Carlos Levy, Celik Skvirsky, Dan Shimon, Daniel Laniado, Daniel Nestel, Daniel Shapiro, David Altaled, David Laniado, David Mustri, David Ohana, Demian Novizky, Eduardo Hussni, Elías Shayo, Eyal Bar-On, Ezra Levy, Fredi Silvera, Gabriel Azses, Guillermo Levy, Hernan Trajtenbruet, Isaac Kanarek, Isaac Kohab, Jack Chayo, Jacobo Cherem, Jacobo Meizner, Jacobo Palombo, Jaime Fiszman, Jaime Varón, Jonathan Hanono, Jorge Laventman, Jorge Meizner, José Hussni, José Jafi f, León Blanga, León Nassi, Lorenzo García, Luis Cairo, Luis Kleyman, Marcelo Schejtman, Marcelo Trepman (seleccionado nacional mexicano quien participó en el Campeonato Mundial de Futsal 1995), Marcos Hussni, Marcos Green, Marcos Tawil, Marino Guevara, Meir Kastro, Moisés Back, Moisés Fridman, Moisés Guindi, Moisés Hussni, Mordechai Berko, Netanel Shneor, Rafael Braun, Rafael Masri, Rafael Suued, Ramón Mizrahi, Roberto Davidson, Rubén Esses, Rubén Ladowski, Salomón Alfi e, Salomón Alfi lle, Salomón Birch, Samuel Guindi, Samuel Nates, Samuel Relamed, Samuel Tawil, Sebastián Liberman, Simón Melamed, Sión Shamosh, Yosef Jafi f, Yoshua Attie, Zury Nahmad y Zury Shamosh.