La negativa de los países latinoamericanos a ofrecerles ingreso a más refugiados judíos provenía de varias causas. El antisemitismo creciente era sin duda una razón, tal como el temor a la competencia económica. En ciertos casos, había resentimiento por el hecho de que algunos refugiados judíos que habían entrado bajo la condición de hacer trabajos agrícolas luego fueron a parar a las ciudades. Además, la simpatía de algunos latinoamericanos de descendencia alemana por la ideología nazi y las teorías raciales también contribuyó al creciente antisemitismo.
Durante la Gran Depresión, líderes políticos y gobiernos por toda la región explotaron la crisis económica para desarrollar bases populistas. Las políticas de gobernantes como Getulio Vargas (Brasil), Roberto Ortiz (Argentina), Arturo Alessandri (Chile), Lázaro Cárdenas (México), y Fulgencio Batista (Cuba) muestran esta tendencia, que fomentó el desarrollo de partidos políticos anti-inmigrantes o plataformas y fuertes campañas en la prensa contra las leyes de inmigración. Estas actitudes fueron reflejadas en leyes de inmigración cada vez más estrictas que fueron introducidas por toda Latinoamérica a fines de 1930 (México en 1937; Argentina en 1938; Cuba, Chile, Costa Rica, Colombia, Paraguay y Uruguay en 1939). Los resultados de estas leyes fueron asombrosos. Argentina, que había permitido entrar a 79 mil inmigrantes judíos entre 1918 y 1933, solo admitió oficialmente a 24 mil entre 1933 y 1943. Otros veinte mil judíos entraron a la Argentina ilegalmente, cruzando la frontera desde países vecinos. Brasil permitió entrar a 96 000 inmigrantes judíos entre 1918 y 1933, pero solamente a doce mil entre 1933 y 1941.
En este clima, las autoridades cubanas se negaron a permitirle la entrada a la mayoría de los pasajeros del barco St. Louis cuando atracó en La Habana en mayo de 1939. Aunque el St. Louis llevaba un número inusualmente alto de posibles inmigrantes y los medios de comunicación prestaron mucha atención al asunto, el incidente no fue aislado. Pasajeros de los barcos Orduña, Flandre, y Orinoco se encontraron en situaciones similares. En noviembre de 1941, el gobierno alemán prácticamente cortó el movimiento de refugiados judíos hacia Latinoamérica cuando prohibió toda emigración judía de los territorios bajo su control.
Los no judíos encontraron que era más fácil emigrar a algunos países latinoamericanos. México permitió entrar a solamente 1 850 refugiados judíos entre 1933 y 1945, pero expidió por lo menos 16 mil visas de inmigración a refugiados republicanos españoles entre 1938 y 1945, y más de 1 400 visas a refugiados católicos polacos entre 1939 y 1941. Brasil propuso tomar varios miles de refugiados no judíos de Finlandia y de territorios bajo control alemán, incluyendo católicos definidos como ‘no arios’ bajo el sistema de clasificación racial de los nazis.
Había excepciones a esta fría acogida. En la Conferencia internacional de Evian sobre la crisis de los refugiados, el presidente Rafael Leónidas Trujillo ofreció admitir hasta cien mil judíos a la República Dominicana. El gobierno dominicano posteriormente donó tierra en Sosuá, una ciudad sobre la costa norte de la isla, para el establecimiento de un asentamiento agrícola judío. A pesar del apoyo del presidente estadounidense Franklin D. Roosevelt y del Departamento de Estado de los Estados Unidos, y de la inversión de una cantidad de dinero considerable por parte de judíos en los Estados Unidos, la República Dominicana dejó entrar a solamente 645 judíos desde 1938 a 1945 y la población de la colonia de Sosuá llegó a su pico con 476 residentes en 1943. Sin embargo, las autoridades dominicanas expidieron alrededor de cinco mil visas a judíos europeos entre 1938 y 1944, aunque la mayoría de los destinatarios nunca echaron raíces en la República Dominicana. Ello no obstante, estos documentos fueron fundamentales para permitirles huir de la Europa ocupada por los nazis.
Menos conocida es la entrada de más de veinte mil refugiados judíos entre 1938 y 1941 a Bolivia. Fundamentales en esta iniciativa fueron los esfuerzos de Mauricio (Moritz) Hochschild, un magnate minero judeoalemán que controlaba un tercio de la producción mineral en Bolivia y que tenía lazos políticos con el presidente boliviano Germán Busch. Después de la Guerra del Chaco contra Paraguay (1932-1935), Busch trató de estimular la economía boliviana dejando entrar a inmigrantes europeos. Hochschild usó esta oportunidad para facilitar un movimiento regular de inmigrantes judíos alemanes y austriacos, que consiguieron visas a través de cinco consulados bolivianos en Europa (Zúrich, París, Londres, Berlín y Viena). Los refugiados llegaban por barco a Arica, Chile, de donde eran llevados por tren hasta La Paz, Bolivia, en lo que vino a ser llamado el Express Judío. Con la ayuda del Comité Judío Americano para la Distribución Conjunta, con sede en los Estados Unidos, Hochchild creó instalaciones para los inmigrantes, muchos de los cuales posteriormente cruzaron ilegalmente por las fronteras porosas de Bolivia a países vecinos, especialmente Argentina. (La Sociedad de Protección a los Inmigrantes Israelitas, o SOPRO, creada por Hochschild, tenía oficinas en La Paz, Cochabamba, Potosí, Sucre, Oruro y Tarija.)
El diplomático mexicano Gilberto Bosques Saldívar también desempeñó un papel importante en el rescate de los judíos. Como cónsul en Marsella, una ciudad portuaria en lo que vino a ser la Francia de Vichy, Bosques dirigió a los funcionarios consulares a expedir un visado a cualquier refugiado que quisiera huir a México. Sus esfuerzos salvaron las vidas de decenas de miles de judíos y refugiados huyendo de la dictadura de Franco en España. Bosques también alquiló un castillo y un campamento de verano cerca de Marsella para alojar refugiados, argumentando que bajo el derecho internacional la propiedad era territorio mexicano. En 1943, la Gestapo arrestó a Bosques, su familia y a cuarenta personas de su equipo consular y los detuvo en Alemania por un año hasta que el gobierno mexicano logró su libertad a través de un intercambio de prisioneros. Después de la guerra, Bosques serviría como embajador de México en varios países y desempeñó un papel importante en resolver la crisis de los misiles de Cuba de 1962.
Después que la Alemania nazi y sus colaboradores del Eje empezaron a llevar a cabo el asesinato masivo de los judíos europeos en 1941, algunos gobiernos latinoamericanos expidieron pasaportes, visas, y documentos de ciudadanía a través de sus legaciones europeas. Estos documentos jugaron un papel importante en el rescate de judíos, aunque muchos nunca llegaron a los países que expidieron los documentos. Sin embargo, estos documentos a menudo les permitieron empezar su viaje a un lugar seguro. Empezando en 1942, El Salvador expidió hasta veinte mil pasaportes disponibles a judíos bajo ocupación nazi a través de su Cónsul General en Ginebra, José Arturo Castellanos. Estos pasaportes fueron especialmente útiles para salvar vidas en Budapest en 1941, cuando los judíos húngaros eran la última comunidad judía intacta en la Europa ocupada.
Latinoamérica era un destino importante para muchos sobrevivientes del Holocausto. Más de veinte mil refugiados judíos inmigraron a la región entre 1947 y 1953. Su destino primario era Argentina, que vino a ser el hogar de por lo menos 4 800 sobrevivientes del Holocausto. Otros se asentaron en Brasil, Paraguay, Uruguay, Panamá y Costa Rica, entre otros países.
