Ese mismo año, los alemanes encerraron a más de tres mil judíos en la Gran Sinagoga, la mayor sinagoga de madera de Europa Oriental, y los incineraron.
Dos días después de la ocupación, el comandante militar alemán convocó al principal rabino de Bialystok, Gedaliah Rosenmann, y al presidente del consejo judío de la comunidad, Efraim Barasz, para formar un Judenrat. Fue creado inicialmente con doce miembros, siendo Rosenmann su presidente y Barasz el vicepresidente, aunque este último era el que llevaba la voz cantante. Barasz creía en el principio de la salvación a través del trabajo.
“Hemos transformado a todos nuestros habitantes en elementos útiles. Nuestra seguridad es directamente proporcional a nuestra productividad de trabajo… Las medidas tienen que ser tomadas de modo que la existencia del gueto alcance la justificación, para podernos tolerar”.
El gueto de Bialystok se convirtió rápidamente en un centro industrial, con fábricas privadas, explotadas por industriales alemanes; los judíos del gueto eran una mano de obra muy barata y efectiva. Un pequeño grupo fue obligado a trabajar en diversas fábricas alemanas fuera del gueto. Los judíos no recibían paga y su alimentación era del todo deficiente. Como sucedía en otros guetos, el contrabando de alimentos era la única manera de evitar el hambre en una escala masiva.
En los talleres clandestinos dentro del gueto se producían mercancías que se podían intercambiar por alimento con la gente que vivía fuera del gueto. Además, para aumentar la disponibilidad de alimento, el Judenrat convirtió los solares dentro del gueto en zonas hortícolas. Ellos se encargaron también de proporcionar trabajo a más de dos mil personas en hospitales, farmacias y escuelas.
El último año de la ocupación surgió dentro del gueto una Escuela Comercial Superior clandestina. Sus alumnos eran entrenados para actuar efectivamente en la defensa y resistencia del gueto. Como resultado de estas acciones, muchos fueron encarcelados, asesinados o deportados a campos de concentración.
Durante 1942, diversas facciones de movimientos juveniles judíos habían avanzado lentamente, y creado un frente unido con objeto de emprender una lucha armada contra los alemanes.
En agosto se creó el bloque número uno bajo el mando de Edek Borak y, en noviembre, Mordechai Tenenbaum llegó a Bialystok, procedente del gueto de Varsovia para alentar la resistencia y crear el bloque número dos.
Con la iniciativa de Tenenbaum y el apoyo de Barasz, se estableció un archivo secreto, ocultado fuera del gueto, con documentos que hoy constituyen un expediente inestimable de la existencia del gueto. Barasz también puso sumas substanciales de dinero a disposición de Tenenbaum para la formación de un ejército secreto, pero no tuvo éxito.
Cuando el Judenrat informó a los habitantes del gueto de la deportación total, unos diez mil judíos se reunieron en una asamblea improvisada en la calle de Jurowiecka para ofrecer resistencia. Ese no fue el primer acto de rebelión en Bialystok. En febrero, el Bloque número uno sufrió muchas bajas en una tentativa inútil de resistencia armada. Borak estaba entre los capturados y transportados a Treblinka.
En agosto de ese mismo año, los bloques uno y dos comenzaron una lucha armada desesperada. El plan era volar el muro del gueto cerca de la calle de Smolna y escapar al bosque. Durante cinco días, hasta el veinte de agosto, tuvieron una infernal lucha con los alemanes hasta que finalmente fueron reducidos, aunque 150 pudieron escapar y unirse a los partisanos de la zona. 71 combatientes lograron esconderse en un subterráneo dentro del gueto, pero días más tarde fueron descubiertos y asesinados.
Después de este enfrentamiento todavía quedaron en Bialystok dos mil judíos; entre ellos estaban Barasz y Rosenmann. Finalmente, todos fueron enviados a Majdaneky asesinados.
Bialystok fue liberado por el ejército soviético el veintisiete de julio de 1944. Solamente 468 judíos de Bialystok lograron sobrevivir escondidos entre los partisanos u ocultos en algún rincón de la ciudad, fuera del gueto.
